En la temporada 2005-06, con el respaldo de su mayor madurez y la experiencia del Mundial Juvenil de Países Bajos ganado con la Selección argentina, más la estabilidad de Julio César Falcioni como director técnico, Agüero vivió su etapa de explosión en el club de sus amores, que lo terminó catapultando a Europa. Fue también en esta temporada en la que Agüero recibió su primera y única expulsión en Argentina.
